Desconhece-se a data da criação da freguesia pois, segundo a tradição, foi no Porto Judeu (actual porto de pesca) que terão desembarcado os primeiros povoadores da Ilha.
Jácome de Bruges, primeiro capitão donatário, aqui terá desembarcado, em 1 de Janeiro, devido ao facto de o tempo estar mau e por isso querer aproveitar a pequena enseada do porto. Como este não tinha grandes condições de abrigo e como naquele tempo chamavam “judeu” a tudo que fosse mau, assim o porto foi chamado de Porto Judeu.
Outra tradição, reza que conjuntamente com Jácome de Bruges vinha um Judeu, os quais terão travado o seguinte diálogo no momento do desembarque:
-Jácome Bruges: Salta, judeu, senão salto eu.
-Judeu: Salto e o porto será meu.
Desta conversa terá o porto ficado conhecido como Porto do Judeu. Contudo, na falta de documentos autênticos, fica-se apenas pela tradição. Sabe-se, contudo, ser freguesia do início do povoamento da ilha Terceira, sendo a igreja paroquial anterior a 1470.
O povoado iniciou-se sob a liderança do Senador João Coelho, filho de Pêro Coelho, implicado no assassínio de Inês de Castro e que acompanhava Jácome de Bruges na sua segunda viagem à Terceira. Existe, ainda, o lugar de “Ponta dos Coelhos”, desde o Pico do Refugo até à Salga.
O Porto Judeu foi elevado a Vila por carta régia de D. Manuel, de 12 de Fevereiro de 1502 sendo revogada no ano seguinte.
Porto Judeu torna-se novamente Vila de Porto Judeu novamente aquando a publicação no Diário da República o Decreto Legislativo Regional n.º 11/2016/A.